Los tres templos principales que los componen datan de los siglos XVI y XVII: las iglesias de San Francisco, La Soledad y El Milagro, cuyos claustros, patios y anexos constituyen un extraordinario conjunto monumental y arquitectónico, único en el mundo.
Este convento reúne un tesoro artístico acumulado durante más de cuatrocientos años de existencia. La biblioteca cuenta con 20,000 libros en diferentes lenguas, entre biblias, tratados de teología y libros corales escritos en pieles de cordero o pergaminos. También cuenta con un atlas de todo el mundo y además el primer diccionario que editó la Real Academia de la Lengua.
San Francisco conserva un hermoso zócalo de azulejos sevillanos. Destacando en la sala de espera un tríptico del Señor Crucificado y un óleo de San Buenaventura, ambos de Angelino Medoro, un pintor napolitano que emigró al Virreinato del Perú vía España.
Una de las obras más llamativas es la cúpula de influencia mudéjar en forma de media naranja, que data de 1725. Asimismo, la sala del coro posee una hermosa sillería barroca de 1675 tallada en cedro panameño, así como un facistol giratorio donde se colocaban libros corales.
El claustro franciscano lo conforman cuatro galerías con arquerías de medio punto. El conjunto de azulejos de 1620, donde cada paño muestra diferentes diseños es deslumbrante, tanto como la antigua sala capitular, donde se reunían los religiosos.
El museo exhibe una colección de pinturas: “La pasión de Cristo”, atribuida al taller del pintor Rubens en el siglo XVII. También se observan retratos de los papas franciscanos y un lienzo de la última cena. Lo llamativo de este lienzo es que en él figuran alimentos autóctonos como papa, rocoto, cuy y ají, con lo que los antiguos religiosos llegaron a evangelizar a las poblaciones del ande.
La visita al museo incluye un recorrido por las catacumbas, descubiertas en 1943. El sitio –ubicado debajo del templo– fue lugar de enterramiento de difuntos hasta 1808. Se calcula que 25,000 cadáveres fueron sepultados, y hoy se pueden ver las osamentas.
Estas criptas, construidas con ladrillos y cal y canto, tienen una sólida estructura que ha resistido terremotos. También cuentan con un pozo subterráneo que servía de fosa común. Se cree que existieron pasadizos secretos relacionados con la Catedral y el Tribunal de la Santa Inquisición.
En la Cripta de los venerables está la tumba de fray José Francisco de Guadalupe Mojica, famoso tenor y actor mexicano que dejó su carrera artística y se ordenó como sacerdote franciscano.